Hösten 1991 sände biskop Hubertus Brandenburg diakonen Erik Kennet Pålsson till Haninge med uppdraget att undersöka förutsättningarna för en församling i en utpräglad förort till Stockholm. Den kyrkliga verksamheten i dessa storstadens randområden hade fram till dess utgått från innerstadens församlingar, bortsett från Täby som växt upp kring en kommunitet.

Behovet var stort, visade det sig, och snart fanns en kapellförsamling, som inledningsvis hade expeditionslokaler och ett minimalt kapell i Handenterminalen. 1994 kunde Brandbergens kyrka, byggd 1979-80, övertas från Svenska kyrkan. Det är en stor kyrka, uppförd i ett plan, inrymmande behövliga lokaler.

Liturgiskt upprättades församlingen, som omfattar kommunerna Haninge, Nynäshamn och Tyresö, på Heliga Familjens högtid omedelbart i anslutning till officiellt datum den 1 januari 1999. Nyårsdagen celebrerade så stiftets nye biskop Anders Arborelius församlingens första högmässa.

Efter det att Heliga Familjens församling blivit självständig från moderförsamlingen, som var Domkyrkoförsamlingen, har den ursprungligen utsände diakonen fortsatt med den dagliga pastorala ledningen under en så kallad moderator, vilken hittills varit domprosten. Detta är nytt för svenska förhållanden, men alls inte ovanligt i länder där prästbristen är påtaglig.

Det ekumeniska arbetet betecknas som omfattande och livligt, framför allt på grund av den avkristning som visar sig så tydligt i Haninge, som rent statistiskt sett är den mest sekulariserade kommunen i Sverige.